Triển khai dự án phần mềm có thể thường xuyên xảy ra các sự cố. Đó là những sự việc xảy ra không nằm trong kế hoạch dự định và và có thể ảnh hưởng đến tiến độ triển khai dự án và do đó cả hai phía phải điều chỉnh lại kế hoạch triển khai hoặc hợp đồng buộc phải thanh lý giữa chừng. Các sự cố thường xảy ra theo các dạng sau:
Sự cố về nhân sự
Thông thường là sự thay đổi nhân sự không mong muốn ở cả hai phía: Khách hàng và nhà cung cấp. Nhân viên đang tham gia thực hiện dự án xin nghỉ việc hoặc vì những lý do bất khả kháng mà không tiếp tục tham gia được vào dự án nữa. Ngay với hợp đồng triển khai phần mềm kế toán cũng thường xuyên xảy ra sự cố về nhân sự. Dự án chỉ kéo dài một vài tháng nhưng chỉ cần sự thay đổi kế toán trưởng bên phía doanh nghiệp là dự án có thể bị đình chỉ lại không thời hạn. Hơn nữa khi quay lại tiếp tục dự án thì kế toán trưởng mới lại phải bắt tay từ đầu tìm hiểu phần mềm hoặc các nhân viên chuyển giao phần mềm bên phía nhà cung cấp phải tiến hành hướng dẫn lại sử dụng phần mềm. Khó khăn hơn nữa là khi kế toán trưởng bên phía khách hàng là người đặt các yêu cầu cho phần mềm nhưng khi thay đổi người mới thì ngoài việc chậm trễ trong việc nắm bắt hệ thống kế toán của doanh nghiệp, kế toán trưởng mới còn cần rất nhiều thời gian mới giám nhận trách nhiệm về việc tiếp tục đặt yêu cầu cho phần mềm. Triển khai phần mềm kế toán đã vậy, với dự án ERP thì các sự cố về nhân sự có thể còn xảy ra thường xuyên và nghiêm trọng hơn.
Liên quan đến đội ngũ nhân viên tiếp nhận phần mềm, không phải lúc nào tất cả các thành viên cũng luôn ủng hộ việc triển khai dự án. Việc này có thể xảy ra vì rất nhiều lý do. Một trong những lý do thường xuyên nhất là nhân viên không hài lòng với sự lựa chọn phần mềm và nhà cung cấp triển khai phần mềm, có thể nhân viên này giới thiệu hoặc ủng hộ một phần mềm khác nhưng phần mềm này không được lựa chọn. Lý do nữa là một số nhân viên không thích việc áp dụng phần mềm vì với việc triển khai phần mềm, vị trí và uy tín của họ có thể bị suy giảm do khả năng yếu kém về việc sử dụng hoặc tiếp thu phần mềm (ví dụ do tuổi tác cao). Khó khăn nữa có thể xảy ra là sự mâu thuẫn giữa các nhân viên tiếp nhận phần mềm với nhau do việc khác nhau về quan điểm hoặc cách giải quyết các vấn đề. Người đứng đầu ban dự án tiếp nhận phần mềm phải có trình độ quản lý tốt và có khả năng quyết đoán cao mới có thể làm suy giảm hoặc triệt tiêu các mặt tiêu cực từ các mối quan hệ trong nội bộ doanh nghiệp gây ra.
Đối với nhà cung cấp phần mềm, khi có sự thay đổi về nhân sự đang triển khai phần mềm thì sự ảnh hưởng đến tiến độ của dự án cũng rất lớn nếu công ty phần mềm không có kế hoạch bổ sung thay thế nhân sự phù hợp về trình độ. Nhân viên mới phải có khả năng tiếp nhận một cách chi tiết các phần công việc của nhân viên cũ để lại, đôi khi khối lượng thông tin cần tiếp nhận rất lớn và đổi hỏi nhân viên có trình độ cao mới có thể tiếp nhận được một cách có chất lượng.
Sự cố về sự hợp tác giữa các nhân viên bên phía khách hàng với các nhân viên triển khai phần mềm bên phía nhà cung cấp
Trong cư xử, từ sự khác nhau về cách nhìn nhận và xử lý các vấn đề có thể nảy sinh các "mâu thuẫn" giữa các nhân viên làm việc hai phía với nhau. Đôi khi chỉ là một câu nói hoặc một sự nóng giận làm cho mối quan hệ trở nên căng thẳng. Thông thường sự căng thẳng xảy ra giữa các nhân viên cấp dưới do họ chưa biết đặt việc công lên trên cá nhân, do tuổi trẻ nông nổi hoặc do tính tình nóng nảy khi mà áp lực công việc đang căng thẳng. Tuy vậy các "mâu thuẫn" giữa các nhân viên cấp dưới của hai bên với nhau đôi khi cũng dẫn đến sự việc không mong muốn là một bên phải thay đổi nhân sự do đề nghị của phía bên kia.
Khó khăn lớn hơn có thể xảy ra khi có sự căng thẳng giữa những người phụ trách dự án của hai bên khách hàng và nhà cung cấp. Những sự căng thẳng này thường không nảy sinh từ tính cách của những nhân viên mà là từ công việc. Khi hợp đồng kinh tế không quy định rõ ràng hoặc khi hai bên khác nhau về cách nhìn nhận các công việc cần phải thực hiện. Ví dụ: Với một chức năng chi tiết trên phần mềm, bên phía khách hàng cho rằng chức năng này cần phải thực hiện vì thuộc phạm vi hợp đồng còn nhân viên bên phía công ty phần mềm cho rằng công việc này nằm ngoài phạm vi hợp đồng... Vì vậy, để ngăn ngừa sự cố này, ví dụ trong quy trình triển khai phần mềm của EFFECT, bước đầu tiên là hai bên cùng nhau xây dựng bản đặc tả chức năng phần mềm chi tiết và cùng thống nhất ký vào văn bản này làm căn cứ xác định các công việc cần thực hiện sau này mà hai bên đều phải tuân thủ.
Sự căng thẳng cũng có thể nảy sinh khi một bên không hoàn thành hoặc quá kéo dài công việc đã thống nhất do không bố trí được đủ thời gian tham gia dự án của các nhân viên. Ví dụ điển hình là bên phía doanh nghiệp chỉ có kế toán trưởng hoặc trưởng các phòng nghiệp vụ mới có thể phê duyệt được một chức năng hoặc một quy trình trên phần mềm cần thực hiện như thế nào trong khi các nhân viên này quá bận biu vì các công việc theo chức danh của mình và không bố trí đủ thời gian cho dự án, kết quả là các phần triển khai liên quan khác của dự án cũng phải chờ đợi theo. Hoặc trường hợp bên phía công ty phần mềm không thực hiện được hoặc thực hiện quá chậm chạp các công việc customize phần mềm do bố trí nhân sự không đủ trình độ tham gia vào dự án.
Thông thường khi có sự căng thẳng trong quan hệ của nhóm nhân viên tham gia dự án của hai bên thì cần có cuộc họp để giải quyết và trong cuộc họp này phải có sự tham gia của cấp cao hơn như lãnh đạo hai công ty (giám đốc hoặc phó giám đốc). Ban lãnh đạo của doanh nghiệp và công ty phần mềm là những người hơn ai hết mong muốn dự án thành công nên nói chung các mâu thuẫn sẽ được giải quyết và các kế hoạch mới sẽ được đặt ra và tinh thần làm việc của các nhân viên trong ban dự án của cả hai bên lại được "lên dây cót". Trường hợp xấu nhất đại diện ban lãnh đạo hai bên cũng không thống nhất được thì hai bên có thể bàn đến việc thanh lý hợp đồng trong "hoà bình" và nếu sự bàn bạc này cũng không có kết quả thì hai bên phải nhờ đến bên thứ ba can thiệp như trọng tài hoặc toà án kinh tế.
Các sự cố về kỹ thuật
Ví dụ: Tất cả các máy tính của doanh nghiệp bị nhiễm loại virus gây hậu quả nghiêm trọng (như loại virus phá huỷ đĩa cứng, virus xoá một số tệp ngẫu nhiên trong thư mục bất kỳ trên đĩa cứng...). Sự cố về kỹ thuật tin học cũng có thể xảy ra khi trong doanh nghiệp có nhân viên không ủng hộ việc triển khai dự án mà lại có trình độ về kỹ thuật tin học nên có thể cố tình can thiệp làm hỏng phần mềm. Mặc dù trường hợp này rất ít khi xảy ra nhưng khi nó đã xảy ra thì rất khó khắc phục vì nhân viên phá hoạt luôn nghĩ ra cách này, cách khác theo thời gian để làm hỏng dữ liệu hoặc hỏng một số file của chương trình. Cách duy nhất là tìm ra nhân viên phá hoại, cách ly khỏi hệ thống phần mềm hoặc cho nhân viên nghỉ việc.
Các sự cố bất khả kháng khác
Các sự cố khác có thể xảy ra như một bên doanh nghiệp hoặc nhà cung cấp phần mềm giải thể, khi đó dự án chắc chắn thất bại. Trường hợp một bên đơn phương đề nghị chấm dứt hợp đồng và thanh lý giữa chừng vì lý do bất khả kháng (như công ty mẹ đột nhiên quyết định áp dụng phần mềm khác thay thế phần mềm đang triển khai, hoặc doanh nghiệp rơi vào các vụ rắc rối với pháp luật và có nguy cơ đóng cửa...). Đôi khi do không còn nhân sự triển khai dự án do có quá nhiều nhân viên tham gia dự án xin nghỉ việc mà doanh nghiệp cũng buộc phải dừng dự án theo cách đề nghị thanh lý hợp đồng giữa chừng.
